Vaikka triathlon koostuu kolmesta eri lajista, on juoksu kuitenkin se millä sijoitus lopulta tehdään. Juoksuosuudella on vielä mahdollista parantaa tai vastaavasti menettää sijoituksia. Varsinkin pidemmillä matkoilla vahva juoksu on avain menestykseen.
Juoksu on siitä raadollinen laji, ettei siinä saa mitään ilmaiseksi. Jokaisella askeleella on kannettava oma kehonpaino. Lisäksi juoksun ollessa viimeinen laji, on jo uinti- ja pyöräilyosuudelta kerennyt tulla kehoon kuormitusta. Myös lajin vaihtaminen tuo omat haasteensa. Siksi on erityisen tärkeää harjoitella läpi vuoden yhdistelmätreenejä, jossa pyöräilyn päälle juostaan. Näin keho oppii liikemallin ja lajin vaihtaminen on helpompaa.
Juoksu on vammaherkkä laji. Varsinkin aloittelijana on tärkeää maltillisesti nostaa juoksumäärää. Pyöräily on helpompi kunnon kohotuslaji, koska sillä on helpompi tehdä pitkää ja matalasykkeistä harjoittelua. Keskivartalon tulee olla vahvassa kunnossa ja askelluksen oikeanlainen, että vältytään rasitusvammoilta. Heikko keskivartalo päästää lantiokorin tippumaan ja pettämään puolelta toiselle, seurauksena on takuuvarmasti polvivaiva.
